Dienstag, 22 Januar 2019 14:05

Datenbank zur Simulation des humanem Stoffwechsels Empfehlung

Vor kurzem haben Wissenschaftler aus Luxemburg, Frankreich und den Niederlanden im Journal Nucleic Acids Research die Virtual Metabolic Human Datenbank vorgestellt. Die Datenbank fasst das aktuelle Wissen über den menschlichen Stoffwechsel in fünf miteinander verbundenen Ressourcen zusammen. Ferner wurde beschrieben, wie der Stoffwechsel von Mensch und Darmmikrobiom mit Ernährung und Krankheiten in Zusammenhang gebracht werden kann.


Eine Vielzahl von Faktoren tragen zu komplexen Krankheiten bei und können mit "Omics"-Methoden gemessen werden. Datenbanken wie die VMH erleichtern die Dateninterpretation für die zugrundeliegenden Mechanismen.

Die VMH umfasst 5.180 verschiedene Metaboliten, 17.730 verschiedene Reaktionen, 3.695 menschliche Gene, 255 Mendel'sche Krankheiten, 818 Mikroben, 632.685 mikrobielle Gene und 8.790 Lebensmittel. Sie fasst das aktuelle Wissen über den menschlichen Stoffwechsel, unterteilt in fünf miteinander verbundenen Ressourcen "Humaner Stoffwechsel", "Darm-Mikrobiom", "Krankheit", "Ernährung" und "ReconMaps" zusammen.

Die VMH repräsentiert eine interdisziplinäre Datenbank zur Dateninterpretation und Hypothesengenerierung für die Biomedizin.

Leistungen der VMH sind:
1. das Bereitstellen der Stoffwechselrekonstruktionen von Mensch- und Darmmikroben, die für die metabolische Modellierung geeignet sind;
2. sieben humane Stoffwechselkartierungen zur Datenvisualisierung;
3. ein Ernährungsdesigner;
4. eine benutzerfreundliche Webseite und eine Anwendungsprogrammierschnittstelle für den Zugriff auf ihre Inhalte;
5. Benutzer-Feedback-Option für das Community-Engagement
6. die Verbindung der Einheiten mit 57 anderen Web-Ressourcen.

Originalpublikation:
Alberto Noronha, Jennifer Modamio, Yohan Jarosz, Elisabeth Guerard, Nicolas Sompairac, German Preciat, Anna Dröfn Daníelsdóttir, Max Krecke, Diane Merten, Hulda S. Haraldsdóttir, Almut Heinken, Laurent Heirendt, Stefanía Magnúsdóttir, Dmitry A. Ravcheev, Swagatika Sahoo, Piotr Gawron, Lucia Friscioni, Beatriz Garcia, Mabel Prendergast, Alberto Puente, Mariana Rodrigues, Akansha Roy, Mouss Rouquaya, Luca Wiltgen, Alise Zagare, Elisabeth John, Maren Krueger, Inna Kuperstein, Andrei Zinovyev, Reinhard Schneider, Ronan M. T. Fleming & Ines Thiele (2019). The Virtual Metabolic Human database: integrating human and gut microbiome metabolism with nutrition and disease. Nucleic Acids Research 47, Database Issue D614-624. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30371894

Zur VMH Datenbank geht es hier: https://www.vmh.life/

Quelle:
https://www.vph-institute.org/news/the-virtual-metabolic-human-database.html